登瀛書院主祀文昌帝君，每年最重要的祭典為祭祀文昌帝君的春、秋二大祭典。一為農曆二月初三日帝君誕辰日，行春祭；再為八月十八日帝君成仙日，行秋祭。

　　清代嘉慶6年(1801)，朝廷頒布將主管人間文教功名利祿的文昌帝君，「奉詔編入祀典，春秋致祭，與武廟同」(《彰化縣志•祀典志》)，通令各省皆建立文昌廟祠，各地書院都祭祀文昌帝君，各級社學、義學，也紛紛奉為主祀神。書院祭祀文昌帝君，春秋二祭乃成必要之儀禮。每屆春秋祀典，凡士紳、信徒、子弟、社員、士子與各界百姓，每每相偕前來參加儀式及會飲饗宴，此祭俗也成為清代書院祭祀器物設備的由來。日治時期時勢所致，書院制度瓦解，書院被改稱為文昌祠，傳統祭儀多有休廢。至太平洋戰爭時，一年一度之祭祀，更為之斷絕。待光復後書院運作漸上軌道，蕭耀倉主委任中再度恢復，歷任主委執事勉力維持，至今每年如期舉辦盛典，光耀文昌。

　　舊時的公家機關與文人皆於春秋二祭時前往書院行禮祭祀，各詩文社成員也會相聚交誼。現今，書院鄰近之各級學校，多由師長帶領學子們參與祭拜活動，加以來自全台各地人士齊聚一堂，共同薰沐禮教，陶冶心性。

　　許多家長、學生、考生們會把握吉日，前來祭拜文昌帝君，同時敬奉蔥、芹菜、蒜等富含吉祥意味的供品，也祈求庇佑課業順利，前途吉祥。
 

(一)    春祭 
　　農曆二月初三日為文昌帝君聖誕，每年此前舉行春祭大典。時屆仲春，春暖花開，一片清和。書院值此佳期，依循古禮舉行春祭大典。由管理委員會承辦，準備麵線、壽龜、壽桃與鮮花素果等供品，隆重舉行祭典。
　　春祭簡單而隆重。首要在於由誦經團恭誦經文，祝賀文昌帝君聖誕。之後，會舉行開燈儀式。執事人員身著古裝禮服，拿著「功名燈」、「學士燈」點燈名冊，一一向文昌帝君唱名報告，為考生祈福。隨著考季來臨，每年都會有許多考生到書院點燈，祈求文昌帝君可以護佑學子考生，文昌光彩，考運亨通，金榜題名。點燈的燭火會維持全年不熄。繼而頒發登瀛書院清寒優秀學生獎學金，以資鼓勵鎮內各國小、國中、高中職諸學子。
　　近年來最具特色的，是恭請「魁星筆開智慧」儀式。由書院主委暨執事人員身著長袍古裝，依循古禮，恭請魁星筆，為現場民眾開智慧。相傳，經魁星筆加持的人，不論大人小孩，大多能感受到智慧清靈，功課進步，運勢光明。
 

(二)    秋祭 
　　農曆八月十八日為文昌帝君成仙日，又近於至聖先師孔子聖誕佳期，每年此前會舉行秋祭大典。因時屆中秋，天高氣爽，月圓人圓，適於交誼。而自古春祈秋報，秋季為一年豐收之時節，歡喜慶成，祭典通常較為隆重。
　　書院值此佳期，依循古禮舉行秋祭大典。由管理委員會承辦，施行三獻禮，繼而恭請「魁星筆開智慧」，隆重舉行祭典。
　　登瀛書院秋祭大典三獻禮，依循古制，行禮如儀，過程虔敬肅穆。場中設祭壇，備三牲果品，吉時一到燃放鞭炮，開啟典禮序幕。由主委領袖，敦請社會賢達擔任主祭官、陪祭官，書院諸執事人員各司其職，皆著長袍禮服。先到廣場焚香祭告蒼天，再向文昌帝君行禮。在莊嚴雅樂聲中行三跪九叩大禮，循序敬拜、叩首、上香，呈獻剛鬣、柔毛、庶饈、果品、穀、麥、豆、麻、山珍、海味、財帛種種，以示收穫飽滿，豐富供獻，並頌讀祭文，讚頌文昌帝君之尊崇。歷經初獻、亞獻、終獻等禮，圓滿三獻禮，表達誠心敬神的感謝。
 

　　書院既是知識學習的場域，更是品格陶冶的處所。祭祀典禮的意義，首先在通過對先聖先賢的祭典禮儀，樹立可供效法的典範，喚起恭敬心，藉以薰陶性情，裨益成人。陶冶學子惕勵精進，鼓舞百姓學習效法，期能超凡入聖，所謂「藉神明以儆身心，文風所由丕振也」，是優良的品德教育。再者，透過禮敬神祇，祈請靈威庇佑，靈感相助，期望能智慧弘光，金榜題名，功名如願，再以所學知能，經世濟民，福國安邦。